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Archiv-Übersicht     Angebot Nr. 12425

Angebotsdatum: 18. August 2017
Art der Stelle: Doktorarbeit / Diplomarbeit
Fachgebiet: Chemie > Biochemie
Titel des Themas: Protein folding in vitro and in vivo

Institut: University of Michigan, Ann Arbor
Adresse:
Prof. James Bardwell
Natural Science Building, Room400; 830 N. Universi
48109 Ann Arbor, Michigan, USA
Tel.: +1-734-647-6683   Fax.: +1-734-615-4226
Bundesland:
Homepage: http://https://sites.lsa.umich.edu/bardwell-lab/
E-Mail Kontakt: mail

Beschreibung: Wir untersuchen Proteinfaltung sowohl in vitro (im Testtube), als auch in vivo (in der Zelle). Unser Ziel ist, Proteinfaltung auf einem Level zu verstehen, dass wir es manipulieren können. Mithilfe von genetischen Selektionsstrategien untersuchen wir, wie Zellen mit Proteinfaltungsstress umgehen.

Wir haben Proteinfaltungs-biosensors entwickelt, welche die Stabilität eines Proteins direkt mit antibiotischer Resistenz verbindet. Dies ermöglicht uns Proteinfaltung in der Zelle zu optimieren (1) und neue Faltungshelfer zu entdecken (2). Proteinfaltung in der Zelle ist abhängig von Faltungshelfern, wie Proteindisulfidisomerasen und Chaperonen. Wir untersuchen die Mechanismen dieser Faltungshelfer in vivo und in vitro mit Hilfe von genetischen, biochemischen, biophysikalischen und strukturbiologischen Methoden sowohl in Bakterien, als auch in Hefe (2,3,4,5,6,7,8). Eines dieser neuen Faltungshelfern ist das molekulare Chaperone Spy (2). Vor kurzem haben wir den Mechanismus sowohl kinetisch als auch strukturell aufgeklaert, nach welchem Spy Proteinen bei der Faltung unterstützt. Spy beherbergt eine amphiphile, “Faltungs-freundliche” Oberfläche, an welcher Proteine binden und falten. Unsere Hypothese, dass andere Chaperone einen ähnlichen Mechanismus verwenden, um Proteinen bei der Faltung zu helfen, testen wir momentan and verschiedenen, teilweise kuerzlich entdeckten Chaperonen.

Wir suchen hoch motivierte Doktoranden mit Master- oder Diplomabschluss in Molekularbiologie/Genetik/Biotechnologie/Biochemie/Biophysik welche Interesse an Proteinfaltung haben.

Unsere Doktoranden absolvieren in der Regel nach 3 Jahren Forschung in unserem Labor. Das jährliche Einkommen eines Doktoranden beträgt $30.000US.

Wir bieten ebenso die Möglichkeit für Studenten, ihre Master- oder Diplomarbeit oder ein Forschungspraktikum von 3 bis 12 Monaten Länge bei uns zu absolvieren.

Wir suchen auch nach Postdocs!

Wir haben viel Erfahrung mit deutschen Studenten und bieten Hilfestellung für Visa, Wohnungssuche, usw.

Unser Lab befindet sich an der University of Michigan, eine der top 5 öffentlichen Universitäten in den USA, weiche eine exzellente Umgebung für die Forschung bietet.

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We investigate protein folding both in vitro and in vivo. Our goal is to understand protein folding on a level so that we can manipulate it. Using genetic selection strategies, we study how cells deal with protein folding stress.

We have developed protein folding biosensors that combine the stability of a protein directly with antibiotic resistance. This allows us to optimize protein folding in the cell (1) and discover new folding factors (2). Protein folding in the cell is dependent on folding helpers, such as protein disulfide isomerases and chaperones. We investigate the mechanisms of these folding helpers in vivo and in vitro by means of genetic, biochemical, biophysical and structural biology methods in bacteria as well as in yeast (2,3,4,5,6,7,8). One of these new folding factors is the molecular chaperone Spy (2). Recently, we kinetically and structurally characterized the mechanism by which Spy supports protein folding. Spy accommodates an amphiphilic "folding-friendly" surface, to which proteins bind and fold. Our hypothesis that other chaperones use a similar mechanism to help proteins fold is currently being tested in various other recently discovered chaperones.

We are looking for highly motivated PhD students with a Master's or equivalent degree in Molecular Biology / Genetics / Biotechnology / Biochemistry / Biophysics who are interested in protein folding.

Our doctoral students generally complete research in our laboratory after 3 years of research. The annual income of a doctoral student is $ 30,000US.

We also offer the opportunity for students to complete their master's or master's thesis or a research internship of 3 to 12 months in length.

We have a lot of experience with German students and offer assistance for visas, apartments, etc.

Our lab is located at the University of Michigan, one of the top 5 public universities in the US that offers an excellent environment for research.


Methoden:
Anfangsdatum: 18. September 2017
Geschätzte Dauer: 4 years
Bezahlung: $ 30,000US
Papers: 1. Foit L et al (2009) Optimizing protein stability in vivo. Mol Cell 36: 861-871.
2. Quan et.al. (2011) Genetic selection designed to stabilize proteins uncovers a
chaperone called Spy. Nature Struct. Mol. Biol.18(3):262-9
3. Foit L et al. (2011) Chaperone activation by unfolding. PNAS 110(14):E1254-62.
4. Quan S et al. (2014) Super Spy variants implicate flexibility in chaperone action. Elife.3:e01584.
5. Stull F et al. (2016). Substrate protein folds while it is bound to the ATP-independent chaperone Spy. Nature Struct. Mol. Biol. 23(1):53-8.
6. Docter BE et al. (2016). Do nucleic acids moonlight as molecular chaperones? Nucleic Acids Res. 44(10):4835-45.
7. Horowitz S, et al. (2016). Visualizing chaperone-assisted protein folding. Nature Struct. Mol. Biol. 23(7):691-7.
8. Koldewey P et al. (2016). Forces Driving Chaperone Action. Cell 166(2):369-79.
Sonstiges:

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