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Archiv-Übersicht     Angebot Nr. 13549

Angebotsdatum: 5. August 2019
Art der Stelle: Doktorarbeit
Fachgebiet: Informatik > Bioinformatik
Titel des Themas: Promotionsstelle in Bioinformatik

Institut: LFE Bioinformatik, Institut für Informatik, Ludwig-Maximilians-Universität München
Adresse:
Prof. Caroline Friedel
Amalienstr. 17
80333 München
Tel.:    Fax.:
Bundesland: Bayern
Homepage: http://https://www.bio.ifi.lmu.de/aktuelles/stellenangebote/friedel_sra_mining/index.html
E-Mail Kontakt: mail

Beschreibung: In der Arbeitsgruppe von Prof. Dr. Caroline Friedel an der Ludwigs-Maximilians-Universität München sind frühestens zum 1.10.2019 zwei Stellen als

Wissenschaftlichen Mitarbeiter/in (TV-L 13, 100%)

als Promotions-Stelle zu besetzen. Der Beginn der Stelle ist flexibel bis zum 31.3.2020. Eine Bewerbung auch bereits jetzt möglich, wenn der Master erst in einigen Monaten abgeschlossen werden. Beide Stellen werden durch die DFG gefördert.

Themen der Stellen:

1. Großskalige Untersuchung von Short-Read-Archiven zu Störungen in der Transkriptionsterminierung und zirkulärem Spleißen / Large-scale investigation of short read archives for disruption of transcription termination and circular splicing

Ziel dieses Projektes ist dabei die Entwicklung und Anwendung von neuen Methoden zum Durchsuchen großer Read-Datenbanken wie die NCBI SRA nach Evidenz für Störungen in der Transkriptionsterminierung und speziellen Splicing-Ereignissen.


2. Funktionelle Analyse der Induktion offenen Chromatins stromabwärts von Genen in der HSV-1-Infektion / Functional analysis of downstream open chromatin induced in HSV-1 infection
In früheren Studien haben wir festgestellt, dass HSV-1 Infektion zu einer massiven Störung der Transkriptionsterminierung führt, die mit offenem Chromatin in intergenischen Regionen assoziert ist. In diesem Projekt sollen nun RNA-seq und ChIP-seq Daten aus einer Kollaboration mit Prof. Lars Dölken vom Institut für Virologie der Universität Würzburg analysiert werden und neue Methoden entwickelt werden, um den Mechanismus und auslösenden Faktor für das offene Chromatin zu identifizieren.

Voraussetzungen:

Kandidatinnen und Kandidaten sollten ein Hochschulstudium (Master/Diplom) in Bioinformatik oder einem nahe verwandten Fachgebiet absolviert haben oder kurz vor dem Abschluss stehen. Vorausgesetzt werden gute Programmierkenntnisse (Java, Python und/oder Perl) und Interesse an quantitativer Datenanalyse und bioinformatischer Methodenentwicklung. Erfahrungen mit der Analyse von Hochdurchsatz-Daten, insbesondere Next-Generation Sequencing-Daten, wären von Vorteil.

Bewerbungen mit den üblichen Unterlagen (Lebenslauf, Zeugniskopien, Master/Diplom-Arbei als PDF per Email) bzw. Fragen zur Stellenausschreibung sind zu richten an:

Prof. Dr. Caroline Friedel
friedel-application@bio.ifi.lmu.de
Lehr- und Forschungseinheit für Bioinformatik
Institut für Informatik
Ludwig-Maximilians-Universität München
Methoden:
Anfangsdatum: 1. Oktober 2019
Geschätzte Dauer: 3 Jahre
Bezahlung: TV-L 13 100%
Papers:
Sonstiges:

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