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Archiv-Übersicht     Angebot Nr. 14146

Angebotsdatum: 22. Januar 2021
Art der Stelle: Doktorarbeit
Fachgebiet: Physik > Angewandte Physik
Titel des Themas: Super-resolution RNA Imaging

Institut: Angewandte Physik
Adresse:
Dr. rer. nat. Karin Nienhaus
Wolfgang-Gaede-Str. 1
76131 Karlsruhe
Tel.:    Fax.:
Bundesland: Baden-Württemberg
Homepage: http://www.aph.kit.edu/nienhaus/
E-Mail Kontakt: mail

Beschreibung: Genetically encodable fluorescence markers for imaging of specific RNA molecules in live cells are still very limited. Within the project ‘Super‐resolution RNA Imaging with Aptamer‐ PAINT’, funded by the Baden‐Württemberg Stiftung (collaboration with the Jäschke lab, IPMB, U Heidelberg), we develop advanced light‐up RNA aptamers for live‐cell superresolution localization microscopy applications. Upon binding a fluorophore-quencher, the aptamers will light up.
Aptamers and dyes are provided by the Jäschke lab. The candidate will immobilize the aptamers on a surface and characterize their dye binding kinetics. If the aptamer/dye pair is suitable for localization microscopy, the candidate will test it in SMLM experiments on fixed and live cells.
We are looking for an excellent, highly motivated person with a degree in (bio)physics, physical chemistry or related fields who is interested in working in an interdisciplinary team and who is strongly committed to careful biophysical experimentation (single molecule imaging) and computer‐based quantitative data acquisition and analysis.
Methoden: surface preparation, aptamer immobilization
Single molecule localization microscopy (SMLM)
advanced super-resolution optical microscopy
Anfangsdatum: 1. Februar 2021
Geschätzte Dauer: 3 Jahre
Bezahlung:
Papers: Wirth, R.; Gao, P., Nienhaus, G. U., Sunbul, M. and A. Jäschke. SiRA: A Silicon Rhodamine‐ Binding Aptamer for Live‐Cell Super‐Resolution RNA Imaging. J. Am. Chem. Soc. 141, 7562 (2019)
Sunbul, M., Lackner, J., Martin, A., Englert, D., Hacene, B., Grün, F., Nienhaus, K., Nienhaus, G. U., & A. Jäschke. Super‐resolution RNA imaging using a rhodamine‐binding aptamer with fast exchange kinetics. Nature Biotechnol., in press.
Sonstiges:

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